La durée de mandat des membres élus ou désignés du conseil d'administration, du conseil scientifique et du conseil des enseignants est de quatre ans renouvelable à compter de la date de la première réunion de ces conseils suivant leur désignation, à l'exception de celui des représentants des étudiants qui est d'un an. La durée du mandat des représentants des étudiants peut être portée à deux ans par délibération du conseil d'administration. Les membres élus disposent d'un suppléant.

Le mandat des membres des conseils de l'institut prend fin lorsqu'ils perdent la qualité au titre de laquelle ils ont été élus ou nommés.

Les représentants élus du personnel au conseil d'administration, au conseil scientifique et au conseil des enseignants sont, dans les conditions définies par le règlement intérieur de l'institut, membres de droit respectivement du conseil d'école, de la commission de la recherche et de l'innovation et de la commission des enseignants de l'école interne correspondant à leur circonscription.

En cas de vacance d'un siège pour quelque cause que ce soit, le membre sortant est remplacé par son suppléant pour la durée restante du mandat en cours. En l'absence de suppléant, un autre membre est nommé ou élu dans les mêmes conditions pour la durée restante du mandat en cours.

Le ministre chargé de l'agriculture peut proroger le mandat des membres des conseils une fois pour une durée maximale d'un an, sur proposition de leur président.

Les élections aux différents conseils ont lieu au scrutin de liste à un tour, sans panachage ni vote préférentiel, à la représentation proportionnelle avec répartition des sièges restant à pourvoir selon la règle de la plus forte moyenne. L'élection des membres au conseil des enseignants a lieu au scrutin plurinominal majoritaire à deux tours. Lorsqu'un seul siège est à pourvoir, l'élection a lieu au scrutin uninominal majoritaire à deux tours.

Les modalités d'organisation des élections au sein de l'institut sont fixées par un arrêté du ministre chargé de l'agriculture. Les élections peuvent avoir lieu par vote électronique, dans les conditions fixées par les articles R. 211-508 à R. 211-584 du code général de la fonction publique.