Le conseil scientifique est composé de vingt-quatre membres :

1° Douze représentants élus des personnels et des étudiants dont :

a) Trois représentants des professeurs et personnels assimilés ;

b) Trois représentants des maîtres de conférences et des autres personnes chargés d'enseignements ;

c) Trois représentants des personnels ingénieurs, assistants ingénieurs et techniciens ;

d) Trois représentants des étudiants préparant un doctorat sous la responsabilité d'un directeur de thèse de l'institut et dans une unité de recherche relevant de l'institut au sens de l'article L. 313-1 du code de la recherche ; ;

2° Douze personnalités qualifiées désignées par le ministre chargé de l'agriculture, sur proposition du directeur général, en raison de leur compétence scientifique, professionnelle ou de leur implication dans les stratégies de recherche territoriales, dont trois personnalités désignées sur proposition du ministre chargé de l'enseignement supérieur et trois personnalités désignées sur proposition du ministre chargé de la recherche.

Le conseil scientifique élit son président parmi les membres mentionnés au 2°. Le directeur général et les directeurs des écoles internes, ou leurs représentants, assistent aux réunions avec voix consultative.