Chaque école interne est dirigée par un directeur.

Les directeurs des écoles internes assurent, sous l'autorité du directeur général, le bon fonctionnement de l'école et ils ont autorité sur les agents qui y sont affectés. A ce titre, ils sont responsables du maintien de l'ordre et de la sécurité au sein de l'école. Ils peuvent faire appel à la force publique en ce qui concerne les locaux relevant de leur seule responsabilité. Ils peuvent subdéléguer leur signature à des membres du personnel de l'école, dans la limite de leurs attributions, et aux directeurs des unités de recherche relevant de l'institut pour la gestion des dotations globales de fonctionnement et d'équipement.

Chaque école interne dispose d'un conseil d'école qui adopte le règlement intérieur de l'école et le règlement de scolarité de chaque formation dans le respect des règles fixées respectivement par le règlement de l'institut et le règlement des études de l'institut. Il propose au conseil d'administration de la création, modification ou suppression de diplômes propres à l'école et les accréditations de titres ou diplômes dont la formation est assurée par l'école.

Le conseil d'école rend des avis ou formule des propositions au conseil d'administration sur l'ensemble des sujets relatifs à la vie de l'école, contribue à l'élaboration des choix stratégiques de l'institut et fixe les orientations en matière d'enseignement, de recherche et d'innovation de l'école dans le cadre des stratégies de l'institut. Ce conseil est assisté d'une commission des enseignants, d'une commission de la recherche et de l'innovation et d'une commission de l'enseignement et de la vie étudiante.

Chaque conseil d'école comprend pour moitié des représentants élus des personnels et des étudiants. Les présidents des conseils d'école sont élus en leur sein parmi les membres extérieurs n'assurant pas la représentation de l'Etat. Ils disposent d'une voix prépondérante en cas de partage égal des voix.

L'institut peut participer au titre de ses écoles internes à des coordinations et regroupements mis en œuvre en application du chapitre VIII bis du titre Ier du livre VII du code de l'éducation.