Un comité éthique et scientifique, institué auprès du secrétaire général de la défense et de la sécurité nationale, est chargé de suivre l'activité du service de vigilance et de protection contre les ingérences numériques étrangères. Il contribue à identifier les enjeux éthiques ou scientifiques liés à l'exercice des missions du service, notamment en contexte électoral. Il peut adresser au chef du service toute recommandation sur les conditions d'exercice des missions du service.

Le comité éthique et scientifique adopte un règlement intérieur précisant son organisation et son fonctionnement.