Le fonds de coopération régionale institué pour Mayotte est alimenté par des crédits de l'Etat et peut recevoir des dotations du Département-Région de Mayotte, de toute autre collectivité publique et de tout organisme public.
Le comité de gestion du fonds de coopération régionale, placé auprès du représentant de l'Etat et composé paritairement de représentants de l'Etat et de représentants de l'assemblée de Mayotte, arrête la liste des opérations éligibles au fonds de coopération régionale ainsi que le taux de subvention applicable à chacune d'elles.
Un décret en Conseil d'Etat définit les modalités d'application du présent article.
Conformément au II de l’article 48 de la loi n° 2025-797 du 11 août 2025, ces dispositions, dans leur rédaction issue de l’article 48 précité, entrent en vigueur à une date fixée par décret, et au plus tard le 1er janvier 2026.