La commission élabore son règlement intérieur qui précise notamment les règles de prévention des conflits d'intérêts, ainsi que les règles et modalités d'inscription des points à l'ordre du jour de ses séances et les modalités d'examen, avec ou sans débat, des demandes d'enregistrement dans les répertoires nationaux. Ce règlement est applicable après son approbation par le conseil d'administration de France compétences.