L'agence est soumise à un régime administratif, budgétaire, financier et comptable et à un contrôle de l'Etat adaptés à la nature particulière de sa mission et définis au présent chapitre.
Les ressources de l'agence sont constituées notamment :
1° Par des subventions de l'Etat, de collectivités publiques, de leurs établissements publics, de l'Union européenne ou des organisations internationales ;
2° Par une dotation des régimes obligatoires d'assurance maladie versée et répartie dans des conditions fixées par décret. Le montant de cette dotation est fixé chaque année par la loi ;
3° Le produit des ventes de produits et services mentionnés à l'article L. 1413-4 ;
4° Les reversements et remboursements mentionnés à l'article L. 162-1-16 du code de la sécurité sociale ;
5° Par des taxes prévues à son bénéfice ;
6° Par des redevances pour services rendus ;
7° Par des produits divers, dons et legs ;
8° Par des emprunts.