Les ressources de l'agence comprennent :
1° Des subventions de l'Union européenne ou d'organisations internationales ;
2° Une dotation des régimes obligatoires d'assurance maladie versée et répartie dans des conditions fixées par décret. Le montant de cette dotation est fixé chaque année par la loi ;
3° Des taxes et redevances créées à son bénéfice ;
4° Des produits divers, dons et legs ;
5° Des emprunts.