Les ministres chargés de l'environnement et de l'économie se prononcent sur la demande d'agrément dans un délai de six mois à compter de la date de dépôt du dossier complet, sous réserve que les dispositions propres à certaines filières fixent un délai différent. Au terme de ce délai, la demande est réputée acceptée en l'absence de réponse de leur part.
Ces ministres peuvent fixer une durée d'agrément plus brève que celle qui est sollicitée par le demandeur, sans qu'elle puisse être inférieure à un an, en motivant leur décision au regard des éléments présentés dans le dossier de demande d'agrément et de la maturité de la filière. Dans ce cas, le demandeur met à jour les éléments de son dossier de demande mentionnés au 2° et au 4° de l'article R. 541-86 qui le nécessitent et au plus tard dans un délai de trois mois à compter de la date de son agrément.
La décision de refus d'agrément est motivée.