Le régime financier et comptable de l'établissement est fixé par les articles L. 719-4, L. 719-5 à l'exception du deuxième alinéa, L. 719-6 et R. 719-51 à R. 719-109-1 du code de l'éducation à l'exception de la deuxième phrase du b de l'article R. 719-61.
La soutenabilité du budget au sens de l'article R. 719-61 du même code est appréciée par le ministre chargé de l'agriculture au regard d'une capacité d'autofinancement répondant aux besoins d'investissements, d'une évolution supportable de la masse salariale et d'un niveau de trésorerie non fléchée suffisant au bon fonctionnement de l'établissement.
Conformément à l’article 46 du décret n° 2024-1108 du 2 décembre 2024, ces dispositions entrent en vigueur le 1er janvier 2025. Les budgets initiaux pour l'exercice 2025 demeurent régis par les règles applicables antérieurement à cette date.