La procédure de modification du schéma d'aménagement et de gestion des eaux prévue par l'article L. 212-7 peut être utilisée à tout moment, dans les cas et conditions prévues par cet article. Toutefois, lorsqu'elle a pour objet sa mise en compatibilité du schéma avec le schéma directeur d'aménagement et de gestion des eaux, elle est réalisée dans les trois ans suivant la mise à jour de ce dernier.
La procédure est conduite par la commission locale de l'eau lorsque celle-ci propose la modification au préfet du département ou au préfet responsable, ou par le préfet lorsqu'il en prend l'initiative. En ce cas, il soumet le projet de modification à la commission locale de l'eau, dont l'avis est réputé favorable à l'issue d'un délai de deux mois à compter de la transmission du projet.
Le projet de modification est soumis à l'avis du comité de bassin, qui est réputé favorable à l'issue d'un délai de quatre mois à compter de sa transmission.
La consultation du public par voie électronique prévue à l'article L. 123-19 est organisée par le préfet.
Conformément à l'article 12 du décret n° 2024-1098 du 2 décembre 2024, ces dispositions dans leur rédaction issue du décret précité s'appliquent aux procédures d'élaboration, de modification ou de révision des schémas d'aménagement et gestion des eaux dont l'engagement a été décidé après la date de publication du présent décret. Cependant, l'autorité chargée de mener ces procédures peut décider d'appliquer les articles R. 212-46 et R. 212-47, dans leur rédaction issue du même décret, dès lors que l'enquête publique ou la consultation du public, prévues respectivement par les articles L. 212-6, L. 212-7 et L. 212-9 n'a pas été lancée.