Le conseil scientifique propose au président la répartition entre les départements, les services scientifiques et les services communs des emplois créés ou vacants de personnels techniques, administratifs et de service affectés à l'observatoire.

Il décide la répartition entre les départements et les services des crédits de recherche scientifique ainsi que des crédits non affectés délégués à l'établissement par des organismes nationaux.

Il approuve tous les contrats et conventions ayant pour objet des recherches ou travaux effectués pour leur compte par les services scientifiques et les services communs de l'établissement.

Il approuve les programmes correspondant à la préparation des diplômes délivrés par l'établissement ainsi que les modalités de contrôle de connaissances et de délivrance des diplômes. Il répartit les fonctions d'enseignement dans l'établissement.