En matière de gestion financière et comptable, IFP Energies nouvelles est soumis aux règles applicables aux entreprises industrielles et commerciales. Il est tenu d'établir ses comptes selon le plan comptable général, et pour les comptes consolidés, dans les conditions prévues aux articles L. 233-16 à L. 233-28 du code de commerce.

Chaque année, il établit pour l'année suivante un état prévisionnel des recettes et des dépenses qui comprend :

1° Un compte de résultat et un bilan détaillés prévisionnels ;

2° Un plan de financement détaillé, faisant apparaître les dotations publiques et les autres ressources par nature destinées au financement de l'établissement.

Le contrôle de ses comptes individuels et consolidés est assuré par deux commissaires aux comptes et deux commissaires aux comptes suppléants, désignés dans les conditions prévues à l'article L. 821-40 du code de commerce.