Le docteur junior a droit à un congé annuel de vingt-cinq jours ouvrés. Au cours de ce congé, il perçoit les rémunérations mentionnées au 1° de l'article R. 6153-1-7 ainsi que la prime d'autonomie supervisée et, le cas échéant, les indemnités représentatives des avantages de logement, de chauffage, d'éclairage et de nourriture.

La durée des congés mentionnés ci-dessus pouvant être pris en une seule fois ne peut excéder trente et un jours consécutifs.

L'année de référence pour le décompte des congés des docteurs juniors commence le premier lundi du mois de novembre.

A l'issue de l'année de référence et sous réserve que le nombre de jours de congés annuels pris au cours de cette année de référence ne soit pas inférieur à vingt, le docteur junior a droit à une indemnité compensatrice pour chaque jour de congés annuels non pris, dans la limite de cinq jours ouvrés, dont les modalités de versement sont fixées par arrêté des ministres chargés de la santé et du budget.