L'agence emploie des agents régis par les titres II, III ou IV du statut général des fonctionnaires et des personnels mentionnés aux 1° et 2° de l'article L. 6152-1 en position d'activité, de détachement ou de mise à disposition.

Elle peut également employer des agents contractuels de droit public, qui sont soumis aux dispositions du décret n° 86-83 du 17 janvier 1986 relatif aux dispositions générales applicables aux agents non titulaires de l'Etat pris pour l'application de l'article 7 de la loi n° 84-16 du 11 janvier 1984 portant dispositions statutaires relatives à la fonction publique de l'Etat et aux dispositions du décret n° 2003-224 du 7 mars 2003 fixant les règles applicables aux personnels contractuels de droit public recrutés par certains établissements publics intervenant dans le domaine de la santé publique ou de la sécurité sanitaire.

Par dérogation aux dispositions du décret du 7 mars 2003 précité, pour les spécialités ou qualifications déterminées par délibération du conseil d'administration, les personnes mentionnées au d de l'article 11 de ce même décret qui ne peuvent faire l'objet d'un détachement à l'agence peuvent bénéficier d'un complément de rémunération dans les conditions fixées par délibération du conseil d'administration et dans la limite de la rémunération des praticiens hospitaliers fixée en application de l'article R. 6152-23 du présent code.