Le contrôle de la gestion de l'agent comptable de la Haute Autorité de santé est assuré par le directeur régional des finances publiques d'Ile-de-France.
Conformément à l'article 89 du décret n° 2022-1605 du 22 décembre 2022, ces dispositions sont applicables à compter du 1er janvier 2023 dans les conditions fixées aux II à IV dudit article.