Le conseil d'administration comprend, outre le président de l'établissement, quatorze membres :
1° Cinq représentants de l'Etat :

― le secrétaire général du ministère chargé de la culture ou son représentant ;
― le directeur général des patrimoines et de l'architecture ou son représentant ;
― le chef du service des musées de France ou son représentant
― le directeur du budget ou son représentant ;
― le préfet de Seine-et-Marne ou son représentant ;

2° Trois personnalités choisies en raison de leur compétence ou de leurs fonctions, dont une en raison de sa connaissance des publics des musées nationaux, désignées par arrêté du ministre chargé de la culture ;

3° Deux membres des corps des conservateurs généraux ou des conservateurs du patrimoine, désignés par arrêté du ministre chargé de la culture, l'un parmi les conservateurs du musée du château de Fontainebleau, l'autre parmi les conservateurs du patrimoine de la spécialité monuments historiques ;

4° Deux représentants du personnel élus dans des conditions fixées par arrêté du ministre chargé de la culture ;

5° Le maire de Fontainebleau ou son représentant ;

6° Le président du conseil départemental de Seine-et-Marne ou son représentant.