Le projet de pôle définit, sur la base du contrat de pôle, les missions et responsabilités confiées aux structures internes, services ou unités fonctionnelles et l'organisation mise en œuvre pour atteindre les objectifs qui sont assignés au pôle. Il prévoit les évolutions de leur champ d'activité ainsi que les moyens et l'organisation qui en découlent.
Le chef de pôle, en association avec les chefs de service et les cadres de santé, élabore dans un délai de trois mois après sa nomination un projet de pôle.