Le conseil scientifique propose au conseil d'administration la stratégie de recherche et d'innovation conduite dans l'institut ou avec sa participation. Il donne son avis sur le projet de l'institut, sur la stratégie de l'appui à l'enseignement technique agricole et le règlement intérieur de l'institut pour les domaines relevant de sa compétence.

Il est informé et consulté sur les procédures et les bilans des évaluations des unités de recherche.

Il exerce les attributions relatives à la gestion des enseignants-chercheurs mentionnées dans le décret du 21 février 1992 susvisé dans les conditions prévues au dernier alinéa de son article 9.

Il est consulté sur les caractéristiques des emplois d'enseignant-chercheur, sur la répartition des crédits budgétaires de recherche, sur la création ou la transformation d'unités de recherche et sur toute question relative aux formations. Il assure la liaison entre la recherche et l'enseignement. Ces attributions peuvent être déléguées à la commission de la recherche et de l'innovation de chaque école interne selon des modalités fixées par le règlement intérieur de l'institut.