L'institut est administré par un conseil d'administration assisté d'un conseil scientifique et d'un conseil des enseignants.
Il est dirigé par un directeur général assisté d'un secrétaire général. Un comité des directeurs d'école comprenant les directeurs des écoles internes et les directeurs des établissements associés en application de l'article 6 est constitué auprès du directeur général.
Conformément à l’article 20 du décret n° 2021-1723 du 20 décembre 2021, ces dispositions entrent en vigueur le 1er janvier 2022.