La contribution mentionnée à l'article L. 351-12 est calculée en fonction du nombre d'unités manquantes constatées chaque année à une date fixée par décret en Conseil d'Etat.
Le nombre d'unités manquantes correspond à la différence entre :
1° Le nombre total d'agents rémunérés par l'employeur auquel est appliquée la proportion fixée à l'article L. 5212-2 du code du travail, arrondi à l'unité inférieure ;
2° Et le nombre des bénéficiaires de l'obligation d'emploi prévue à l'article L. 351-1 et des agents pris en compte à ce titre, en application de l'article L. 351-5 effectivement rémunérés par l'employeur.
Le montant de la contribution est égal au nombre d'unités manquantes, multiplié par un montant unitaire. Sous réserve des spécificités de la fonction publique, les modalités de calcul de ce montant unitaire sont identiques à celles prévues à l'article L. 5212-9 du code du travail.
Pour les services de l'Etat, le calcul de la contribution est effectué au niveau de l'ensemble des agents rémunérés par chaque ministère.