Un organisme est désigné par le ministre chargé de l'énergie pour assurer la délivrance, le transfert et l'annulation des certificats de production de biogaz. Il établit et tient à jour un registre électronique des certificats de production de biogaz, destiné à tenir la comptabilité des certificats obtenus, acquis ou restitués à l'Etat. Ce registre est accessible au public.

Les certificats de production de biogaz sont exclusivement matérialisés par leur inscription au registre national des certificats de production de biogaz. Tout producteur de biogaz, tout fournisseur de gaz naturel ou toute autre personne morale peut ouvrir un compte dans le registre national.

Le coût du service afférent à la délivrance et au suivi des certificats de production de biogaz par l'organisme est à la charge du demandeur.