Les travaux du conseil scientifique sont dirigés par un président, qui est l'une des dix personnalités qualifiées.
Ce dernier est nommé par arrêté du ministre de la défense, sur proposition du conseil scientifique.
Arrêté du 22 décembre 2015 portant organisation de l'institut de recherche stratégique de l'Ecole militaire
JORF n°0025 du 30 janvier 2016