Les conditions de l'aide au fonctionnement dont bénéficient les projets retenus sont fixées en tenant compte, notamment, des autres aides financières ou fiscales dont ils bénéficient, le cas échéant.

Le niveau de l'aide au fonctionnement accordée ne peut conduire à ce que la rémunération totale des capitaux immobilisés, résultant du cumul de toutes les recettes prévisionnelles de l'installation et des aides financières ou fiscales dont elle bénéficie, excède un niveau de rémunération raisonnable des capitaux, compte tenu des risques inhérents aux activités sur lesquelles porte l'aide.

Le bénéfice de l'aide au fonctionnement accordée à titre individuel peut, à cette fin, être subordonné, par le contrat conclu avec l'Etat, à la renonciation, par le producteur, à certaines de ces aides financières ou fiscales.