Chaque école française à l'étranger est dirigée par un directeur. Celui-ci est assisté, pour la gestion de l'établissement, par un directeur général des services et un agent comptable.

Le conseil d'administration, par ses délibérations, et le conseil scientifique ainsi que, pour la Casa de Velázquez, le conseil artistique assurent, par leurs avis et orientations, l'administration de l'école.

Elle comprend des services et peut disposer d'antennes dans les pays d'implantation ou dans d'autres pays.

La Casa de Velázquez dispose d'une section scientifique, qui porte le nom d'Ecole des hautes études hispaniques et ibériques, et d'une section artistique, dénommée Académie de France à Madrid.