Le réseau est doté d'un conseil d'orientation stratégique constitué de sept personnalités scientifiques françaises et étrangères désignées, pour un mandat de cinq ans, par le ministre chargé de l'enseignement supérieur, dont cinq sur proposition du comité des directeurs. Les membres de ce conseil ne peuvent être ou avoir été directeur, directeur des études, membre scientifique, directeur d'études et maître de conférences pour l'Ecole française d'Extrême-Orient ou membres d'un des conseils d'une des écoles. Ce conseil appuie le réseau des écoles par ses avis, ses recommandations et ses propositions. Le comité des directeurs l'informe chaque année de son action. Il peut, de sa propre initiative, appeler l'attention du comité des directeurs.

Le conseil d'orientation stratégique fixe ses modalités d'organisation dans un règlement intérieur.