Le directeur de l'établissement est nommé par arrêté du ministre chargé de la culture sur proposition du directeur général des patrimoines et de l'architecture pour une durée de trois ans renouvelable deux fois.
Il dirige l'Etablissement public du musée national Jean-Jacques Henner et du musée national Gustave Moreau.
A ce titre, le directeur de l'établissement :
1° Arrête l'ordre du jour des réunions du conseil d'administration, prépare ses délibérations et en assure l'exécution ;
2° Propose et met en œuvre la politique scientifique et culturelle de l'établissement et rend compte de son exécution au conseil d'administration ;
3° Est l'ordonnateur des recettes et des dépenses de l'établissement ;
4° Signe les contrats et conventions engageant l'établissement ;
5° Peut créer des régies d'avances et des régies de recettes ;
6° Représente l'établissement en justice et dans tous les actes de la vie civile ;
7° A autorité sur l'ensemble des services et des personnels de l'établissement, gère le personnel, recrute les personnels contractuels, donne son avis sur l'affectation des personnels titulaires à l'établissement, sauf lorsque l'affectation est consécutive à un concours et affecte les personnels dans les différents services de l'établissement.
Il rend compte de sa gestion au conseil d'administration.
Il peut déléguer, dans les limites qu'il détermine, sa signature au secrétaire général de l'établissement ainsi qu'au conservateur du musée national Jean-Jacques Henner.