Le représentant de l'Etat en mer et le préfet du département principalement intéressés à la gestion du parc naturel marin exercent auprès du conseil de gestion les fonctions de commissaire du Gouvernement. Ils peuvent se faire représenter.

Ils reçoivent les convocations adressées aux membres du conseil et du bureau et siègent avec voix consultative à toutes les réunions de ces instances ainsi qu'à celles des commissions qu'ils ont constituées.

Ils peuvent, conjointement, demander l'inscription de questions à l'ordre du jour du conseil.

Ils reçoivent copie des délibérations du conseil et, s'ils le demandent, des décisions prises sur délégation de ce conseil.

Les délibérations du conseil sont exécutoires de plein droit si le commissaire du Gouvernement n'y fait pas opposition dans le délai de quinze jours qui suit soit la date de réunion du conseil lorsqu'il y a assisté ou y était représenté, soit la date de réception du procès-verbal de la séance.

Lorsque le commissaire du Gouvernement demande par écrit des informations ou documents complémentaires, le délai est suspendu jusqu'à la production de ces informations ou documents.

Le commissaire du Gouvernement peut demander une seconde délibération dans les délais mentionnés au cinquième alinéa. Si après une seconde délibération le désaccord persiste, le commissaire du Gouvernement transmet le dossier dans les quarante-huit heures au ministre chargé de l'environnement.

Le ministre statue après avoir recueilli, s'il y a lieu, l'avis du ministre chargé de la mer, du ministre chargé des pêches maritimes et des cultures marines, du ministre chargé de l'outre-mer et du ministre chargé du budget. Si le ou les ministres consultés ne se sont pas prononcés dans les quinze jours suivant la date à laquelle leur avis a été sollicité, ils sont réputés être favorables à la levée de l'opposition.

L'opposition du commissaire du Gouvernement est levée de plein droit si le ministre chargé de l'environnement n'a pas statué dans le délai d'un mois.