Le ministre chargé de l'enseignement supérieur exerce à l'égard de l'Ecole nationale des chartes les compétences attribuées au recteur de région académique par la loi du 26 janvier 1984 précitée et ses décrets d'application.

L'Ecole nationale des Chartes est établissement-composante de l'Université Paris sciences et lettres (PSL).