Le préfet surveille l'activité des magasins généraux et contrôle la régularité de leur fonctionnement.
Il a libre accès aux établissements placés sous son contrôle et peut procéder ou faire procéder à toutes les vérifications et enquêtes nécessaires à l'accomplissement de sa mission.
Lorsque l'exploitant est une société, le préfet reçoit communication de toutes modifications intervenues dans la présidence ou la gérance, dans le mois qui suit l'entrée en fonction du nouveau président ou gérant.
Lorsque l'exploitant est lié par un contrat au gestionnaire d'une plateforme mentionnée au premier alinéa de l'article L. 522-37-1, le préfet peut, le cas échéant, signaler à ce gestionnaire les manquements commis par cet exploitant.