Le directeur général de l'agence régionale de santé désigne un établissement public de santé dans lequel le centre régional de pathologies professionnelles et environnementales est implanté, pour une durée de cinq ans renouvelable. Le centre peut comporter plusieurs unités hébergées dans d'autres établissements de santé de la région.

Cette désignation a lieu après appel à candidatures selon un cahier des charges défini par un arrêté des ministres chargés de la santé et du travail auquel les centres doivent se conformer. Ce cahier des charges précise notamment la nature des activités des centres et leur organisation.

Le responsable du centre, dont l'identité figure dans l'acte de candidature, est membre du personnel enseignant et hospitalier des centres hospitaliers et universitaires et médecin spécialiste en médecine du travail.

Le directeur général de l'agence régionale de santé peut recourir au centre régional de pathologies professionnelles et environnementales d'une autre région pour mutualiser l'accomplissement de certaines des missions mentionnées à l'article R. 1339-1, avec l'accord du directeur général de l'agence régionale de santé compétent.