L'agent comptable est placé sous l'autorité administrative du directeur. Il est chargé, sous sa responsabilité et sous le contrôle du conseil d'administration, dans les conditions qui sont précisées par les statuts, de l'ensemble des opérations financières de la caisse.

Avant d'entrer en fonctions, l'agent comptable est assujetti à un cautionnement dont le montant, fixé par le conseil d'administration, ne peut être inférieur au minimum du cautionnement auquel sont astreints les agents comptables des caisses de sécurité sociale. Ce cautionnement est réalisé en numéraire ou en rentes sur l'Etat. Il est déposé à la Caisse des dépôts et consignations dans les conditions déterminées par les consignations administratives. Toutefois, il peut être remplacé, avec l'autorisation du conseil d'administration, par l'affiliation de l'agent comptable à une association de cautionnement mutuel.

Le conseil d'administration ne peut délivrer un certificat de quitus à l'agent comptable lors de la cessation de ses fonctions qu'après une vérification complète de sa gestion effectuée par un fonctionnaire dépendant soit du ministre chargé de la sécurité sociale, soit du ministre chargé du budget. Le certificat de quitus ne peut être délivré qu'à l'expiration d'un délai de trois mois à dater de la cessation des fonctions.