Le médecin-conseil national est nommé par le directeur général de la Caisse nationale de l'assurance maladie. Les médecins-conseils nationaux adjoints sont nommés par le directeur général de la Caisse nationale de l'assurance maladie, après avis du médecin-conseil national.

Les médecins-conseils régionaux et les médecins-conseils régionaux adjoints sont nommés par le directeur général de la Caisse nationale de l'assurance maladie sur proposition du médecin-conseil national.

Les praticiens-conseils chefs de service et les praticiens-conseils chargés de certaines attributions ou missions d'ordre technique sont nommés par le directeur général de la Caisse nationale de l'assurance maladie sur proposition du médecin-conseil national après avis du médecin-conseil régional intéressé. Ils sont choisis parmi les candidats qui ont fait l'objet d'une inscription sur une liste d'aptitude établie annuellement par le directeur général de la caisse nationale dans des conditions fixées par la convention collective.

Les médecins-conseils, chirurgiens-dentistes-conseils et pharmaciens-conseils sont nommés par le directeur général de la Caisse nationale de l'assurance maladie, à l'issue d'un processus de recrutement organisé au niveau national. Ils sont recrutés sur titres selon des modalités qui sont définies par arrêté du ministre chargé de la sécurité sociale après avis du directeur général de la Caisse nationale de l'assurance maladie.

Le directeur général procède aux changements d'affectation soit sur la demande des intéressés, soit dans l'intérêt du service. Il peut déléguer ses pouvoirs au médecin-conseil régional pour procéder aux changements d'affectation sur demande des intéressés à l'intérieur d'un échelon régional du service du contrôle médical.