Le conseil scientifique supervise le dispositif et les contenus pédagogiques de l'établissement ; il garantit la qualité scientifique de la formation.
Il comprend au moins un médecin, un titulaire de l'usage professionnel du titre de chiropracteur et un enseignant-chercheur en lien avec une des matières enseignées. Ces trois personnes ne peuvent pas être membres de plusieurs conseils scientifiques d'autres établissements de formation à la chiropraxie. Le fait de siéger au conseil scientifique de l'établissement est exclusif d'un siège en conseil d'administration.
Le conseil scientifique se réunit au moins une fois par an.