Le haut comité scientifique a pour mission de formuler toutes propositions concernant le développement de l'activité scientifique de l'établissement, de le conseiller sur ses grandes orientations scientifiques, d'évaluer son activité scientifique et d'émettre des avis. Il peut être consulté par le président. Ce dernier lui communique toutes pièces nécessaires à l'accomplissement de sa mission.

Ses avis et recommandations sont destinés à l'établissement, aux autorités de tutelle et aux organismes nationaux concernés par les activités scientifiques de l'Observatoire.