Des mesures de protection physiques et logiques sont prises pour assurer la sécurité du traitement des données, empêcher toute utilisation détournée ou frauduleuse, notamment par des tiers non autorisés, et préserver leur intégrité.

L'accès au traitement des données n'est ouvert qu'aux agents nommément désignés et pour les seules opérations auxquelles ils sont habilités. Les accès individuels à l'application s'effectuent par un dispositif sécurisé dans le respect des référentiels prévus à l'article L. 1110-4-1 du code de santé publique.

Les données d'identification des agents mentionnés aux articles R. 232-44 et R. 232-45 ayant accédé aux données sont conservées pendant une durée de trois mois après leur dernière connexion au traitement.