Un comité de pilotage présidé par le président de la chambre de la Cour des comptes compétente en matière de contrôle des organismes de sécurité sociale réunit un représentant du ministre chargé du budget, un représentant du ministre chargé de la sécurité sociale et un représentant du ministre chargé de la protection sociale agricole.
Le comité de pilotage anime et coordonne les contrôles portant sur les organismes mentionnés aux articles L. 134-1 et R. 134-1. Il arrête les orientations et les méthodes de ces contrôles et définit les indicateurs ayant pour objet de détecter les organismes dont les performances de gestion paraissent insuffisantes. Il approuve le programme annuel des contrôles de chaque administration et en suit l'exécution.