L'administrateur général est nommé, pour une durée de cinq ans renouvelable une fois, par décret du Président de la République pris sur le rapport du ministre chargé de l'enseignement supérieur, sur proposition du conseil d'administration, après appel à candidatures. Ses fonctions sont incompatibles avec celles de membre du conseil d'administration, du conseil scientifique et du conseil des formations.

Il est assisté d'adjoints qu'il nomme et dont il fixe les attributions respectives et d'un directeur général des services.