Le secrétaire général de l'établissement est nommé par arrêté du ministre chargé de la culture sur proposition du directeur de l'établissement. Placé sous l'autorité du directeur de l'établissement, il est chargé de l'administration et de la gestion de l'établissement. Il prépare et met en œuvre les décisions du directeur de l'établissement et du conseil d'administration.