Le service dont dépend l'agent habilité informe le détenteur des échantillons des résultats d'analyse de l'échantillon.

Si l'analyse a établi que l'échantillon n'est pas conforme à la réglementation, le détenteur est informé qu'il peut faire réaliser, à ses frais, une contre-analyse par un laboratoire présentant des garanties d'indépendance, de compétence et d'impartialité.

Ce laboratoire vérifie, avant toute analyse, l'intégrité du scellé apposé sur l'échantillon qu'il a reçu. Il procède à l'analyse dans le respect de la réglementation applicable.

Si la contre-analyse infirme le résultat de la première analyse, le détenteur peut faire réaliser à ses frais une analyse du troisième échantillon par le laboratoire national de référence, au sens du règlement (CE) n° 882/2004 du Parlement européen et du Conseil du 29 avril 2004 modifié relatif aux contrôles officiels effectués pour s'assurer de la conformité avec la législation sur les aliments pour animaux et les denrées alimentaires et avec les dispositions relatives à la santé animale et au bien-être des animaux, compétent dans le domaine d'analyse considéré.

Le résultat de cette dernière analyse est le seul pris en compte pour décider des mesures consécutives au contrôle.

Si le propriétaire ou le détenteur décide de ne pas faire procéder à une analyse du troisième échantillon par le laboratoire national de référence, le résultat de la première analyse officielle prévaut sur celui de la contre-analyse.