Chaque caisse régionale ou union est administrée par un conseil composé de six administrateurs au moins et de douze au plus, élus parmi les sociétaires par l'assemblée générale pour une durée de six ans. Toutefois, si un siège d'administrateur devient vacant dans l'intervalle de deux assemblées générales ordinaires, le conseil d'administration peut procéder à une nomination à titre provisoire dans les conditions fixées par les statuts.

Un tiers au moins des membres du conseil d'administration doivent avoir la qualité de marin de la marine marchande ou de concessionnaire d'établissement de pêche sur le domaine public maritime.

Les administrateurs personnes morales doivent, lors de leur élection, désigner un représentant permanent. Celui-ci est soumis aux mêmes conditions et obligations et encourt les mêmes responsabilités que s'il était administrateur en son nom propre, sans préjudice de la responsabilité solidaire de la personne morale représentée.

Les administrateurs sont rééligibles et révocables par l'assemblée générale. Leurs fonctions sont gratuites. Toutefois, une indemnité forfaitaire compensatrice du temps passé à l'exercice de leurs fonctions peut leur être attribuée par l'assemblée générale.