Dans chaque caisse régionale ou union, un commissaire aux comptes est élu par l'assemblée générale. Il doit être choisi conformément aux dispositions de l'article L. 511-38. La durée de son mandat est déterminée conformément aux articles L. 823-3 et L. 823-3-1 du code de commerce.
Le commissaire aux comptes certifie, sous sa responsabilité, la régularité et la sincérité du compte d'exploitation générale, du compte de pertes et profits et du bilan.