Le chef d'établissement établit chaque année un rapport sur l'organisation, le fonctionnement et la gestion financière du service autonome de santé au travail. Il est élaboré selon un modèle fixé par arrêté conjoint des ministres chargés de la santé et du travail.

Lorsque le service autonome de santé au travail regroupe par convention plusieurs établissements, un rapport commun est établi par le chef d'établissement hébergeant le service. Il retrace l'activité du service autonome de santé au travail dans chacun des établissements concernés. Un exemplaire de ce rapport est adressé à chaque établissement partie à la convention.