Le président de l'association est désigné par le conseil d'administration, pour un mandat de deux ans, alternativement parmi les représentants des organisations syndicales de salariés et parmi les représentants des organisations professionnelles d'employeurs qui en sont membres.
Conformément au I de l'article 4 du décret n° 2015-87 du 28 janvier 2015, par dérogation aux dispositions de l'article R. 2135-12 du code du travail, la durée du mandat de chacun des deux premiers présidents et vice-présidents de l'association est de dix-huit mois.