Le conseil d'administration fixe par ses délibérations les orientations de la politique de l'agence. Il adopte son règlement intérieur.

Il délibère sur les matières suivantes :

1° L'organisation générale de l'agence et de ses commissions consultatives ;

2° Les orientations stratégiques pluriannuelles ;

3° Le contrat de performance conclu avec l'Etat ;

4° Le programme de travail annuel ;

5° Le rapport d'activité ;

6° Le règlement intérieur de l'agence ;

7° Le budget et ses décisions modificatives, le compte financier et l'affectation des résultats ;

8° Les contrats, marchés ou conventions d'un montant supérieur à un seuil qu'il détermine ;

9° Les subventions d'un montant supérieur à un seuil qu'il détermine ;

10° Les programmes d'investissement ;

11° Les acquisitions, aliénations, échanges d'immeubles, baux et locations les concernant et comportant des engagements d'une durée supérieure à celle qu'il fixe ;

12° L'autorisation d'ester en justice et, pour les transactions au-delà d'un seuil qu'il détermine, de négocier et conclure lesdites transactions ;

13° Les dons et legs ;

14° Les conditions générales d'emploi et de recrutement du personnel et les conditions de rémunération des autres personnes qui apportent leur concours à l'agence ;

15° Les participations de l'agence à des groupements d'intérêt public ou des groupements d'intérêt économique dans les conditions prévues au 4° de l'article R. 5311-1 du code de la santé publique.

Un bilan annuel de l'ensemble des contrats, conventions et marchés publics passés par l'agence lui est présenté par le directeur général.