Le président du conseil d'administration est le préfet désigné comme coordonnateur des actions de l'Etat pour le Marais poitevin en application des articles 66 et 69 du décret n° 2004-374 du 29 avril 2004 relatif aux pouvoirs des préfets, à l'organisation et à l'action des services de l'Etat dans les régions et départements.
Le conseil élit un premier vice-président proposé par les représentants des collectivités territoriales et de leurs groupements parmi les membres du conseil d'administration visés aux alinéas 1 à 5 du 2° de l'article R. 213-49-9, et un second vice-président proposé par les représentants des usagers et des organismes intéressés parmi les membres du conseil d'administration visés aux alinéas 1 et 3 du 3° de l'article R. 213-49-9. La durée du mandat des vice-présidents est de trois ans.
En cas d'absence ou d'empêchement, le président est remplacé par le premier vice-président ou, si ce dernier est empêché, par le second vice-président.