La Caisse des dépôts et consignations ouvre dans ses écritures un compte particulier où elle enregistre les opérations de recettes et de dépenses du fonds spécial d'invalidité. Les disponibilités de ce compte sont déposées au Trésor par la Caisse des dépôts et consignations en compte courant sans intérêts.

Le fonds n'est pas soumis aux dispositions du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.