Le président de la commission administrative paritaire est élu par les représentants des communes, des groupements de communes et des établissements publics administratifs relevant des communes de Polynésie française parmi leurs membres dans les conditions définies par arrêté du haut-commissaire de la République en Polynésie française. Le président de la commission peut se faire représenter par un élu.
La commission est convoquée par son président, qui en fixe l'ordre du jour. Elle tient au moins deux séances dans l'année.
Le président est tenu de convoquer la commission dans le délai maximum d'un mois, sur demande écrite de la moitié au moins des représentants titulaires du personnel.