Le comptable principal statue sur les demandes de remise gracieuse des comptables secondaires relatives à des décisions leur refusant la dispense de versement, dont le montant n'excède pas un seuil fixé par arrêté du ministre chargé du budget. Au-delà de ce seuil, ces demandes relèvent de la compétence du ministre chargé du budget, qui se prononce au vu de l'avis émis par le comptable principal.