Les missions et les compétences des instituts, des départements, des laboratoires de recherche et des services, leurs modalités d'organisation et de fonctionnement, de désignation de leurs responsables ainsi que la durée de leur mandat sont fixées par le règlement intérieur de l'établissement.
Ces structures internes ne disposent pas d'un budget propre intégré au budget de l'école. Toutefois, ces structures ou leurs regroupements peuvent être dotés d'un budget annexe dans les conditions définies par l'article L. 719-5 du code de l'éducation et le décret pris pour son application.